Sekolah Murid Merdeka memiliki 3 program yaitu:
1. Tatap Muka Rutin, kegiatan belajar intensif secara langsung di 50+ lokasi di Indonesia. Memiliki jadwal kelas tetap dan memiliki materi belajar mandiri secara online.
2. Daring Rutin, kegiatan belajar dilakukan secara online dan dapat diakses di mana saja. Memiliki jadwal kelas yang fleksibel namun tetap tersedia opsi tambahan untuk kelas offline.
3. Inklusi, pada program ini terdapat 2 opsi pilihan yaitu program inklusi TMR dimana kawan murid hanya dapat belajar di satu lokasi SMM yang telah dipilih dan program inklusi DR yang saat ini programnya hanya tersedia untuk jenjang Year 4 – 12.